La Universidad Nacional de San Juan presenta en forma anual la Cuenta de Inversión o Balance, ante la Secretaría de Hacienda, del Ministerio de Economía de la Nación, que luego se eleva para su auditoría y control de gestión al inicio de cada año, en el mes de febrero, de acuerdo al siguiente detalle:
1) ante las autoridades universitarias: al Consejo Superior
2) ante las autoridades fiscales: a AFIP / ARCA (con clave fiscal del contador de la Universidad) para su elevación a la Secretaría de Hacienda, del Ministerio de Economía de Presidencia de la Nación
3) ante las autoridades de educación: a la Subsecretaría de Políticas Universitarias, de la Secretaría de Educación, del Ministerio de Capital Humano, de Presidencia de la Nación.
4) ante el Área de Auditoria de la universidad: y por su intermedio a la Sindicatura General de la Nación.
En forma mensual y complementaria dando cumplimiento de la Ley de Administración Financiera, se informa el cierre mensual a la Subsecretaría de Políticas Universitarias del Ministerio de Capital Humano de Presidencia de la Nación.
